Sur les 1 753 sites Natura 2000 recensés en France, le Département de l’Hérault en dénombre 53, ce qui représente 30 % de sa superficie. Le territoire de la Communauté de communes comprend quatre sites Natura 2000 : Pic Saint-Loup, Hautes Garrigues du Montpelliérais, Gorges de l’Hérault et Lez.
Ces zones géographiques abritent des milieux naturels et des espèces sauvages, animales ou végétales, identifiées comme rares ou fragiles. L’objectif du programme européen Natura 2000 est de préserver cette biodiversité tout en tenant compte des réalités économiques, sociales et culturelles des populations vivant sur ces territoires.
La Communauté de communes du Grand Pic Saint-Loup, qui exerce la compétence « gestion des milieux naturels pour le réseau écologique Natura 2000 », est animatrice des Sites Natura 2000 Pic Saint-Loup et Hautes Garrigues du Montpelliérais.